保健食品加工過程常用的滅菌方法包括濕熱滅菌法（含流通蒸汽滅菌、熱壓滅菌）、輻照滅菌法、微波滅菌法、過濾除菌法、瞬間高溫滅菌法等。
一、濕熱滅菌法
濕熱滅菌法為熱力滅菌中最有效，應(yīng)用最廣泛的滅菌方法，固體制劑、口服液以及遇高溫和潮濕不發(fā)生變化或破壞的原料或成品，均可采用本法滅菌，關(guān)鍵工藝參數(shù)為溫度、時間。
二、微波滅菌法
微波滅菌法是以熱效應(yīng)和非熱效應(yīng)共同作用，使物品內(nèi)外均勻迅速升溫實現(xiàn)滅菌，目前主要用于粉末狀或細小顆粒狀原料及成品的滅菌，關(guān)鍵工藝參數(shù)為微波頻率、時間。
三、過濾除菌法
過濾除菌法利用細菌不能通過致密具孔濾材的原理以除去液體中微生物的方法，常用于含熱不穩(wěn)定成分的液體除菌，關(guān)鍵工藝參數(shù)為濾材孔徑（一般≤0.22μm）。
四、輻照滅菌法
輻照滅菌法最常用的為60Co-γ射線輻照滅菌，主要適用于輻照滅菌條件下不易發(fā)生質(zhì)量變化的固體原料及終產(chǎn)品，關(guān)鍵工藝參數(shù)為輻照源、輻照劑量。
紫外殺菌可用于表面消毒，一般不用于終產(chǎn)品或原料滅菌。
五、瞬間高溫滅菌法
瞬間高溫滅菌法是為有效地保留待滅菌液體物料的功效成分，將液體在封閉的系統(tǒng)經(jīng)高溫、短時處理后迅速冷卻至室溫的一種方法，主要用于飲料的滅菌，關(guān)鍵工藝參數(shù)為溫度、時間。本法需綜合考慮產(chǎn)品pH值、初始染菌情況、生產(chǎn)環(huán)境與保質(zhì)期需求，并應(yīng)與無菌灌裝工藝配合使用。其中超高溫瞬時滅菌法通常采用130～150℃，3～5s。
此外，還有氣體滅菌法等。臭氧具有強氧化性且不具穿透力無法保證產(chǎn)品質(zhì)量穩(wěn)定，環(huán)氧乙烷、甲醛毒副作用明顯，均不屬于 GB2760《食品安全國家標(biāo)準(zhǔn) 食品添加劑使用標(biāo)準(zhǔn)》規(guī)定的加工助劑，不得用于保健食品原料及成品滅菌。